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Analyse des eaux usées : indicateur précoce pour anticiper une reprise épidémique Covid-19 ?

Le réseau de l’Observatoire épidémiologique dans les eaux usées (Obépine) trace la quantité du SARS-Cov-2 dans les eaux usées.

Créé au printemps 2020, le réseau Obépine réunit des laboratoires et des groupes de recherche. Son objectif : surveiller la circulation du virus dans les eaux de 150 stations d’épuration sur les 20 000 qui existent sur le territoire national.

La méthode ? Des prélèvements bihebdomadaires sont réalisés et analysés avec des résultats en 48h pour évaluer la quantité de génome du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Les résultats sont proposés sous la forme d’un indicateur intégrant plusieurs facteurs comme les flux de population et la dilution des eaux usées. A ce stade, 30 stations d’épurations ont intégré l’observatoire (en vert sur le graphique suivant). D’autres stations rejoindront prochainement le dispositif pour atteindre les 150 (en rose sur le graphique).

La semaine dernière, pour la première fois, les résultats des prélèvements réalisés ont été publiés en ligne en accès libre

Ces résultats indiquent des disparités régionales ainsi par exemple si du côté Rouannais, l’indicateur semble stable avec une légère décroissance depuis 2 mois, du côté de Dijon, il est observé une hausse de la circulation virale depuis les fêtes de fin d’année.

Rouen
Dijon

Selon les experts, le niveau de ces indicateurs permettrait d’alerter précocement, environ une semaine avant les autres indicateurs en particulier les tests PCR, sur une reprise d’épidémie. Le virus est présent dans les selles des personnes covid-19 symptomatiques ou non. Par ailleurs, la moitié des personnes présentant des signes cliniques va excréter le virus par les selles trois à quatre jours avant le début des symptômes. Ainsi cette analyse permettrait de donner une cartographie potentiellement en temps réel plus juste de la circulation du coronavirus.

Cet indicateur complète le panel des indicateurs épidémiologiques déjà existants et pourrait permettre l’adaptation des mesures de prévention, mais aussi l’évaluation de leur impact en fonction de son évolution.

De tels systèmes de surveillance environnementale ont déjà été utilisés pour détecter des micro-organismes. Ainsi, dans une étude publiée en 2018, des chercheurs ont montré que la détection du virus de la poliomyélite dans les eaux usées en Israël en 2013 avait permis de relancer une campagne de vaccination, évitant tout cas d’enfants paralysés.

En France, le projet en cours CALYPSO a pour objectif de déterminer la présence de gènes de résistance aux antibiotiques issus de bactéries présentes dans les effluents d’établissement de santé en Nouvelle-Aquitaine afin de les mettre en lien avec la consommation en antibiotiques de chaque établissement.

Pour en savoir plus sur le Réseau Obépine, visionnez le live de Covid Traker avec Yvon Maaday et Vincent Maréchal membres du Comité de Coordination et d’Orientation Scientifique.

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